Pada waktu itu KSR PMI IKIP Yogyakarta masih berada di bawah naungan PMI Cabang Kodya Yogyakarta. Seiring dengan perubahan IKIP Yogyakarta menjadi Universitas Negeri Yogyakarta maka KSR IKIP Yogyakarta berubah nama menjadi KSR PMI Unit UNY. Karena secara geografis masuk wilayah kabupaten Sleman, maka setelah disepakati bersama dalam Musyawarah Anggota KSR PMI Unit UNY bulan Februari 2000, kedudukan KSR PMI Unit UNY berada di bawah naungan PMI Cabang Sleman.
Tujuan didirikan KSR PMI Unit UNY adalah:
1. Untuk meringankan beban penderitaan sesama manusia apapun sebabnya, dengan tidak membedakan bangsa, suku bangsa, bahasa, warna kulit, jenis kelamin, golongan, pandangan politik, agama dan kepercayaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa.
2. Untuk menyiapkan mahasiswa sebagai kader Palang Merah Indonesia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, memiliki pengetahuan dan ketrampilan, sehat jasmani dan rohani, berkepribadian mantap dan mandiri, bersemangat kebangsaan dan cinta tanah air, berbudi luhur serta memiliki tanggung jawab kemasyarakatan.
- Penerimaan Instruktur Baru (PIB), untuk meningkatkan kuantitas anggota instruktur dan pengembangan kemempuan, pengetahuan, dan wawasan anggota.
- Mading dan Bulletin, untuk penyaluran dan pengembangan bakat anggota dalam bidang jurnalistik serta sebagai sarana informasi.
- Aksi Donor Darah, untuk meningkatkan jumlah anggota pendonor tetap dan pendataan kembali keluarga donor darah KSR PMI UNY. Sasaran kegiatan ini adalah seluruh civitas akademika UNY.
- Apel Siaga, untuk meningkatkan kesiapan pertolongan pertama, kedisiplinan, dan loyalitas anggota.
- Diklat Calon Anggota, untuk menyiapkan tenaga terampil dan terlatih.
- Studi Banding, bertujuan meningkatkan kemampuan mengelola ke-KSR-an dengan saling memberikan informasi dengan kunjungan maupun, menerima kunjungan dari KSR lain.
- Musyawarah Anggota, adalah tempat penyampaian LPJ pengurus, sarana penyaluran aspirasi, dan pemilihan pengurus baru.
- Raker, bertujuan untuk konsilidasi dan pemantapan kinerja pengurus baru dan penetapan program kerja satu tahun kedepan.
- Pengadaan Sarana dan Prasarana, guna meningkatkan pelayanan kepada masyarakat dan memudahkan damlam pelaksanaan program kerja.
- Mengadakan sekolah pembinaan di tingkat WIRA (SMA) dan MADYA(SMP), untuk meningkatkan kualitas anggota instruktur dan pembinaan PMR baik tingkat SMP maupun SMA.
- Gladi Medan, bertujuan untuk membentuk fisik dan mental yang tangguh dalam melakukan pertolongan di alam bebas.
- Piket Harian, adalah Piket selama 24 jam ini untuk peningkatan pelayanan pengapdian kepada masyarakat dalam bidang pertolongan pertama, emergency dan donor darah.
- Latihan Bersama, untuk meningkatkan kemampuan anggota dalam melakukan pertolongan pertama.
- Penjagaan
- Pelayanan emergency, Pelayanan donor darah dan ikut serta dalam penanganan korban bencana gempa bumi dan gunung Merapi maupun berbagai macam kepanitiaan